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ReviewMemorias do Instituto Oswaldo Cruz2021

Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis in Brazil before the whole genome sequencing era: a literature review.

Emilyn Costa Conceição, Richard Steiner Salvato, Karen Machado Gomes, Arthur Emil Dos Santos Guimarães, Marília Lima da Conceição, Ricardo José de Paula Souza E Guimarães, Abhinav Sharma, Ismari Perini Furlaneto, Regina Bones Barcellos, Valdes Roberto Bollela and 12 more

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In one paragraph

Review in Memorias do Instituto Oswaldo Cruz, 2021. The graph could read no effect estimate from its abstract, so it casts no vote on the map. Cited by 3 papers.

0numbers the graph read from it
0cells of the map it votes in
3citing papers in PubMed
0.8field-weighted citation impact, top 26% of its field
1 · What the graph read from it

What it found

Each row is one number read from the abstract, on the scale the paper reported it, with its interval. Left of the dashed line favours the treatment, right favours the comparator. Under each row is the sentence it came from. New to these charts? A ten-minute tutorial.

The abstract states no effect estimate the extractor could read, or names no intervention and outcome on the map, so this paper lights no cell and moves no belief. It is still indexed, cited and linked below.

2 · The registry

The trial behind it

Trials whose registry record cites this paper, or whose number appears in the abstract. A trial that started after this paper was published is citing it as background, not reporting it.

Neither the registry nor the abstract names a trial number. If this is a trial report, that itself is worth knowing.

3 · Its place in the literature

Who cites it

3 citing papers in PubMed, 15 citations in OpenAlex.

  1. Article
  2. Article
  3. Article
4 · The record

Corrections and comments

PubMed lists nothing against this paper. Absence here is not a guarantee, only a check that was made.

5 · Who and what money

Authors and funding

22 authors at 10 institutions in 3 countries.

Emilyn Costa ConceiçãoFundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas, Programa de Pós-Graduação em Pesquisa Clínica e Doenças Infecciosas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.ORCID http://orcid.org/0000-0002-7445-6620
Richard Steiner SalvatoUniversidade Federal do Rio Grande do Sul, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular, Porto Alegre, RS, Brasil.
Karen Machado GomesFundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Escola Nacional de Saúde Pública Sergio Arouca, Centro de Referência Professor Hélio Fraga, Laboratório de Referência Nacional para Tuberculose e outras Micobacterioses, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Arthur Emil Dos Santos GuimarãesUniversidade do Estado do Pará, Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde, Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia, Belém, PA, Brasil.
Marília Lima da ConceiçãoUniversidade do Estado do Pará, Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde, Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia, Belém, PA, Brasil.
Ricardo José de Paula Souza E GuimarãesInstituto Evandro Chagas, Laboratório de Geoprocessamento, Ananindeua, PA, Brasil.
Abhinav SharmaInternational Institute of Information Technology, Department of Data Science, Bangalore, India.
Ismari Perini FurlanetoInstituto Evandro Chagas, Seção de Bacteriologia e Micologia, Ananindeua, PA, Brasil.
Regina Bones BarcellosSecretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Centro de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, Porto Alegre, RS, Brasil.
Valdes Roberto BollelaUniversidade de São Paulo, Departamento de Clínica Médica da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brasil.
Lívia Maria Pala AnselmoUniversidade de São Paulo, Departamento de Clínica Médica da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto, SP, Brasil.
Maria Carolina SiscoFundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Cristina Viana NieroUniversidade Federal de São Paulo, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, São Paulo, SP, Brasil.
Lucilaine FerrazoliInstituto Adolfo Lutz, Centro de Bacteriologia, Núcleo de Tuberculose e Micobacterioses, São Paulo, SP, Brasil.
Guislaine RefrégierUniversit e Paris-Saclay, Ecologie Systematique Evolution, Centre National de la Recherche Scientifique, AgroParisTech, Orsay, France.
Maria Cristina da Silva LourençoFundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas, Laboratório de Bacteriologia e Bioensaios em Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Harrison Magdinier GomesFundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Artemir Coelho de BritoCoordenação Geral de Vigilância das Doenças de Transmissão Respiratória de Condições Crônicas, Brasília, DF, Brasil.
Marcos CatanhoFundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Genética Molecular de Microrganismos, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Rafael Silva DuarteUniversidade Federal do Rio de Janeiro, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Laboratório de Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Philip Noel SuffysFundação Oswaldo Cruz-Fiocruz, Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Biologia Molecular Aplicada a Micobactérias, Rio de Janeiro, RJ, Brasil.
Karla Valéria Batista LimaUniversidade do Estado do Pará, Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde, Pós-Graduação Biologia Parasitária na Amazônia, Belém, PA, Brasil.
Fundação Oswaldo Cruz · BRUniversidade do Estado do Pará · BRInstituto Evandro Chagas · BRUniversidade de São Paulo · BRUniversidade Federal do Rio de Janeiro · BRUniversidade Federal do Rio Grande do Sul · BRInstituto Adolfo Lutz · BRInternational Institute of Information Technology Bangalore · INUniversidade Federal de São Paulo · BRUniversité Paris-Saclay · FR

Funding

No grant is acknowledged in the PubMed record.

6 · The paper itself

Abstract

Molecular-typing can help in unraveling epidemiological scenarios and improvement for disease control strategies. A literature review of Mycobacterium tuberculosis transmission in Brazil through genotyping on 56 studies published from 1996-2019 was performed. The clustering rate for mycobacterial interspersed repetitive units - variable tandem repeats (MIRU-VNTR) of 1,613 isolates were: 73%, 33% and 28% based on 12, 15 and 24-loci, respectively; while for RFLP-IS6110 were: 84% among prison population in Rio de Janeiro, 69% among multidrug-resistant isolates in Rio Grande do Sul, and 56.2% in general population in São Paulo. These findings could improve tuberculosis (TB) surveillance and set up a solid basis to build a database of Mycobacterium genomes.

Indexed as

Bacterial Typing TechniquesBrazilGenotypeHumansMinisatellite RepeatsMolecular EpidemiologyMycobacterium tuberculosisPolymorphism, Restriction Fragment LengthWhole Genome Sequencing

Identifiers

PMID33729319
PMCPMC7976556
OpenAlexW3138730277

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LicenceCC BY
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Registered trials

None linked

Read under generation 80e0d062 · epoch 390. Bibliography from PubMed, PubMed Central and OpenAlex; grants from NIH RePORTER; trial links from ClinicalTrials.gov; estimates, votes and beliefs from the Socratic graph.